エインズワースとの激闘からひと時の休息。 美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、 この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。 それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が 命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。 人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。 美遊のために世界の敵となると決めた士郎。 相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。 「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」 大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。 魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！